随着高通量二代测序 (NGS) 技术在临床应用和研究中逐渐普及，基于该技术的检测已成为肿瘤诊疗过程中必不可少的手段。为了进一步贴近临床需求，提供更全面、更精准的检测，香港宝典全年资料大全新升级泛癌种实体瘤Panel“OncoPrimeTM v2.0”，通过“寻求靶向捕获全流程最优解决方案、优化特殊变异类型区域的探针设计、提升捕获性能及变异检测能力、新纳入多个免疫治疗相关指标”等举措，助力临床个性化精准诊疗。
覆盖全面解读精准，一站式解决临床需求
OncoPrimeTM v2.0肿瘤个体化基因检测覆盖范围更全面、位点解读更精准、产品检测更具性价比，一站式解决临床四大需求。
OncoPrimeTM v2.0一站式解决临床四大需求
在靶向治疗方面，已覆盖与全部靶向治疗相关的基因，对获批或专业指南共识推荐、临床及临床前研究相关的靶向治疗药物进行实时更新。此外，也对国内外招募中的临床试验进行了收录，根据癌种信息及检出情况可有针对性的推荐临床试验，为患者提供权威专家团队诊疗指导的同时也可减轻患者的经济负担。
在免疫治疗方面，对免疫治疗相关指标进行升级，通过对多个指标的综合评估为肿瘤免疫治疗提供精准的靶标，给患者带来了更多的治疗选择和希望。
在肿瘤遗传风险解读方面，严格按照ACMG遗传变异分类标准与指南，对遗传变异致病性进行评估。
在化疗疗效及毒副作用预测方面，紧跟药物基因组学专用数据库PharmGKB的更新状态，将化疗药物与基因位点多态性进行信息关联，并根据数据库证据等级分级进行用药推荐。
NGS靶向捕获全流程解决方案升级
探针设计升级，检测数据更优质
OncoPrimeTM v2.0进一步优化了探针设计，根据DNA中鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比率 (GC含量) 动态调整了探针铺设密度，对于常规捕获法难抓取的小插入/缺失 (Indels) 区域，采用侧翼捕获的方式额外补充探针，最大程度保证了捕获的均一性。对于串联重复度高的微卫星不稳定性 (MSI) 区域位点，优化了上下游设计策略，确保每个位点有3-4根安全探针，实现了MSI区域的均一捕获。
进一步优化样本建库及杂交捕获体系，兼容FFPE样本与cfDNA样本，可实现>70%的捕获效率。升级后的panel不存在显著的捕获GC偏好性，捕获均一性可达90%（如下图所示）。
OncoPrimeTM v2.0捕获性能评估
变异检测能力提升，检测数据更可靠
通过优化配对检测方案，OncoPrimeTM v2.0在检测精度和灵敏度方面也有了显著提升，可以更加准确地识别和区分肿瘤相关变异。不仅包括常见的单核苷酸多态性 (SNPs) 和Indels，还涵盖了基因融合 (Fusions)、拷贝数变异 (CNVs) 等复杂的基因变异类型。
对肿瘤组织样本、cfDNA样本分别使用OncoPrimeTM v2.0与升级前的Panel进行检测，检出位点的频率一致性达95%以上，且真实低频位点检出率更高（如下图所示）。
OncoPrimeTM v2.0变异检测能力评估
免疫治疗相关检测指标迭代升级
WES拟合与约登指数法双算法联合，得到最优TMB算法和阈值
OncoPrimeTM v2.0基于国际主流算法，对肿瘤突变负荷（TMB）计算进行了进一步的升级。通过收集TCGA数据库、香港宝典全年资料大全临床基因组中心自有样本库及回顾性研究数据，比较全外显子测序 (WES) 分析和本产品分析算法计算的TMB数值，绘制ROC曲线并计算各个可能阈值的敏感性、特异性以及约登指数，并经临床样本的回顾性验证，最终确认了与WES一致性最高的TMB计算规则和判定阈值。在本产品检测范围内，OncoPrimeTM v2.0与WES平行检测的TMB-H样本中，二者检出位点及频率一致性大于95%，且与TMB水平评估结果一致（如下图所示）。
OncoPrimeTM v2.0与WES平行检测TMB-H样本位点一致性分析
多项分布联合位点判别分析，实现样本MSI水平的精准分析
OncoPrimeTM v2.0通过一个多项分布模型来量化每个肿瘤样本的聚合酶滑移，并引入了一种判别位点选择方法来实现MSI单肿瘤或配对样本的检测。当位点的测序深度＞100X时，AUC即可达到0.99以上，实现了对肿瘤样本MSI水平的精确分析。采用更新后的MSI算法分析110个位点，可以精确区分出MSS位点与MSI-H位点，且区分度较高（如下图所示）。
OncoPrimeTM v2.0升级算法区分不同水平MSI位点
升级HLA分型和肿瘤新抗原，为肿瘤免疫治疗提供精准的靶标
人类白细胞抗原（HLA）的多样性能够在一定程度上量化免疫系统的能力。研究发现，HLA-I分子杂合性越高，免疫检查点抑制剂获益可能性越大，如果同时考虑TMB，获益可能性会更大。
OncoPrimeTM v2.0对NGS测序数据进行HLA分型，包括HLA-A、HLA-B、HLA-C三个HLA-I型基因，与传统PCR方法相比，准确度可达到95%以上。
而肿瘤新抗原 (Neoantigen) 是肿瘤细胞中突变基因编码的产物，能激活肿瘤特异性免疫应答。基于肿瘤新抗原制备的肿瘤疫苗，提高了肿瘤治疗的针对性和有效性。此外，肿瘤新抗原也应用于过继细胞疗法。
OncoPrimeTM v2.0通过分析检测到的单核苷酸变异 (SNVs) 和小片段Indels得到潜在的突变肽段，并对突变肽段以及相应野生型肽段与HLA的亲和力进行预测，同时计算Neoantigen分值，最后在报告中筛选出得分较高的肿瘤新抗原进行展示。
香港宝典全年资料大全临床基因组中心
香港宝典全年资料大全是国家首批肿瘤诊断与治疗项目高通量基因测序技术临床应用试点单位、首批基因检测技术应用示范中心。
香港宝典全年资料大全临床基因组中心严格按照ISO 15189认可和美国CAP认证要求进行实验室标准和规范的管理，具备自主研发、样本检测、生信分析、报告解读、遗传咨询等综合能力，积极参加并高水平通过NCCL、CAP、EMQN等多项高通量测序室间质评。中心开发了基于全外显子测序、家系全外显子测序以及全基因组测序的遗传病分析服务，能够助力各类遗传性疾病的筛查与诊断。
